AGROALIMED està constituït inicialment pels instituts i centres d’investigació següents:

Associació d’Investigació de la Indústria Agroalimentària (AINIA).
Centre de Conservació i Millora de l’Agrodiversitat Valenciana (COMAV, UPV).
Centre d’Ecologia Química Agrícola (CEQA, UPV).
Centre Valencià d’Estudis sobre el Reg (CVER, UPV).
Institut Agroforestal Mediterrani (IAM, UPV).
Institut de Biologia Molecular i Cel·lular de Plantes (IBMCP, UPV-CSIC).
Institut d’Enginyeria d’Aliments per al Desenvolupament (IAD, UPV).
Institut Valencià d’Investigacions Agràries (IVIA, CAPA).

A AGROALIMED es podran incorporar en el futur altres centres d’investigació o departaments universitaris, especialitzats en matèria agroalimentària, que estiguen avalats per una producció científica i tècnica d’alta qualitat.