La Fundació té com a finalitat primordial fomentar la investigació científica, el desenvolupament tecnològic, econòmic i de la sanitat animal i vegetal, i la innovació dins de l’àmbit agroalimentari. Per a la consecució d’esta finalitat global es perseguixen els objectius següents:

• Identificar problemes prioritaris, àrees amb dèficit de coneixements i necessitats de desenvolupament tecnològic i innovació dins del sector agroalimentari valencià.
• Coordinar les activitats dels centres o instituts que constituïxen Agroalimed, per a la realització de projectes d’R+D+I estratègics per al sector agroalimentari valencià.
• Establir relacions de col·laboració amb equips, departaments o centres d’investigació nacionals o estrangers, la cooperació dels quals es considere necessària per a assolir els objectius d’R+D+I proposats.
• Fomentar el desenvolupament de projectes d’R+D+I en les empreses o indústries agroalimentàries valencianes, i facilitar la col·laboració d’estes amb els organismes públics d’investigació.
• Impulsar la transferència de tecnologia a les explotacions, empreses i indústries agroalimentàries valencianes.
• Promoure la cooperació cientificotècnica internacional en temes d’interés per al sector agroalimentari valencià.
• Donar suport a les actuacions dirigides a la formació d’investigadors, tecnòloges o productors.
• Difondre els coneixements cientificotècnics generats per la investigació i promoure la innovació en el sector agroalimentari valencià.
• Gestionar, protegir i defendre els drets sobre patents i obtencions vegetals protegides.
• Promoure totes les altres iniciatives que coadjuven a l’acompliment del fi fundacional.